吗啉主要用于橡胶硫化促进剂的生产，还用于表面活性剂、纺织印染助剂、医药、农药的合成。吗啉还用作顺丁二烯聚合用催化剂、腐蚀抑制剂、光学漂白剂，吗啉也是染料，树脂、蜡、早胶、干酪素等的溶剂。吗啉的盐类也被广泛使用，吗啉盐酸盐等是有机合成的中间体；吗啉脂肪酸盐可作水果或瓜果类蔬菜表皮的被膜剂，可适当抑制基呼吸作用，防止水分的挥发及表皮的萎缩。由于吗啉所具有的独特的化学性质，使其成为当前具有重要商业用途的精细石油化工产品之一，可用于制备NOBS、DTOS和MDS等橡胶硫化促进剂、防锈剂、防腐蚀剂、清洁剂、除垢剂、止痛药、局部麻醉剂、镇静剂、呼吸系统与血管兴奋剂、表面活化剂、光学漂白剂、水果保鲜剂、纺织印染助剂等，在橡胶、医药、农药、染料、涂料等行业有着广泛的用途，医药方面用于生产吗啉胍、病毒灵、布洛芬、咳必定、萘普生、二氯苯胺、苯乙酸钠等多种重要药物。吗啉主要用途有：促进剂NOBS的主要原料，有作分析试剂及树脂、蜡类、虫胶等的溶剂，用于制造玻璃、造纸、洗涤剂、肥皂、染料、合成纤维、制革、医药和陶瓷等行业。
